1579年,李时珍不顾年事已高,前往明朝的政治、文化中心南京,寻找出版的机会。在江苏泰昌,李时珍拜见了曾经担任过湖广按察使、当时正罢官在家的王世贞,请王世贞为《本草纲目》写一篇序。王世贞不仅答应写序,而且还挽留身份和自己相差甚远的李时珍在家里住了好几天。
1586年,李时珍的家乡又一次遭受大灾,这次大灾引发了规模很大的农民反抗,李时珍时时刻刻担心着这部珍贵的稿本和那么多精美的绘图会毁于兵乱。
1590年,王世贞去世。这一年,李时珍终于盼来了好消息,南京的藏书家、刻书家胡承龙答应将《本草纲目》刻版付印。然而,就在书开始刻板时,李时珍再也支持不住,病倒了,此后,这位医中之圣再也没有能够康复。
1593年,李时珍去世,享年76岁。而《本草纲目》刻成是在1596年,他去世3年以后。李时珍没有能够亲眼看到自己的心血问世,不能不说是一大憾事。