朱慈焕被捉住后,朝廷审问他并问道:“朝廷待汝不薄,何为谋反呢?”朱慈焕答道:“数十年来,改易姓名,只是为了避祸。清廷有三大恩于前朝,吾感戴不忘,何尝谋反?”官府又问:“什么三大恩?”朱慈焕回答:“今上诛流贼,与我家报仇,一也。凡我先朝子孙,从不杀害,二也。 朱家祖宗坟墓,今上躬行祭奠,三也。”接着又说道:“吾今年七十五岁,血气已衰,鬓发皆白,乃不作反于三藩叛乱之时,而反于清宁无事之日乎?且所谓谋反者,必占据城池,积草屯粮,招买军马,打造军器,吾曾有一此乎?”
朱慈焕也许的确没有谋反的心思,他一生都在躲避官府的追捕,并且期间还改名换姓,过上了平凡人的生活,组成了自己的家庭。若是他真有谋反之心,早在那些明朝残余势力冒头的时候,就与他们联系,暗中活动了。正如他说的那样,要是真有谋反的心思,如何不再吴三桂兴起三藩之乱的时候跳出来,反而到了年老气衰的时候出来冒头呢?
尽管朱慈焕本人并没有反清复明的心思,但是架不住众人借用其名号行事。当时大部分人都借着朱三太子的名号起势,以便让自己的活动看起来名正言顺,上呈天理下遂民意。
因此对清朝廷来说,不管朱慈焕有没有反清复明的心思,都对清朝的统治造成了极大的阻碍,因此是必须除去的。康熙就说:“朱某虽无谋反之事,未尝无谋反之心。”后来朱慈焕便被凌迟处死,享年七十六岁,子孙后代均被杀害。