朱慈焕是明思宗崇祯皇帝的第五个儿子,生于崇祯六年,也就是公元1633年,生母是贵妃田氏。崇祯皇帝一生一共有七个儿子,次子和七子早夭,成功活到成年的有长子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈焕。朱慈焕明明是第五个儿子,却被人称为朱三太子,是因为朱慈焕与四子朱慈炤同岁,因而人们习惯把他称作“朱三太子”。
朱慈焕长大成人之后,被崇祯皇帝封为永王。若是没有意外,他大概会平安富庶的度过自己的一生,可惜的是命运总是爱作弄人,崇祯十七年,李自成攻破北京,崇祯在眉山自缢,大明帝国崩溃。作为一个亡国皇朝的后代,朱慈焕不可避免的过上了颠沛流离的生活。
北京城破的时候,朱慈焕只有十二岁,在一片混乱中,他仓皇的跟随自己的两个哥哥奔逃,后来在大顺军中与两个哥哥失散之后,与一位姓毛的将领逃到了河南,种了一年地。随后因为清朝清缴流贼,实际上就是绞杀明朝旧人,毛姓将军独自逃走,十三岁的朱慈焕于是只能自己一个人四处流浪。
朱慈焕后来来到了奉养,被一位姓王的前明老给事中收养,改姓“王”名士元,就这样一直在王家待到了他十九岁。朱慈焕十九岁这一年,王家突遭变故,朱慈焕再次开始了自己的流浪生活。
朱慈焕离开王家后,还做了一段时间的和尚,后来在浙江结识了一位姓胡的明官员后裔。两人一番交谈下来,胡某钦佩他的才学,劝他还俗,并将女儿嫁给她。于是朱慈焕娶了胡某的女儿,开始以王士元的名字在余姚教书为生。
康熙四十四年的时候,朝廷再一次严厉打击明朝余孽,宁波、镇海都“一步一步挨查”,闻得事发,妻女六人,均上吊自尽,三子一孙,被捕收,朱慈焕躲避流亡。到了四十七年的时候,官府将在康熙四十五年起事的浙江和尚张念一逮捕。此后从张念一的口中得知了朱慈焕的下落,同年拘捕了朱慈焕。
康熙四十七年朱慈焕被捉拿的时候,已经是七十五岁的高龄了。并且还有了一妻一妾,生了六个儿子三个女儿,并且有了一个孙子,组成了一个三世同堂的大家庭。他渴望平静的生活,所以一直隐瞒自己的真实身份,可惜的是最终还是被朝廷捉拿。