武则天着意营建东都洛阳,李昭德参与规划文昌台、定鼎、上东诸门的改建,又加修了外城。洛河在洛阳城中原有两座桥,高宗上元年间,司农卿韦弘机将中桥移建于长夏门,使行人方便,废了利涉桥,由于洛水常年冲刷,使中桥桥墩旁的岸坡经常塌陷,多次维护,花费劳力和资金。李昭德提出用石头砌成桥墩,前为尖角形以便分水,减弱了冲刷损坏,避免了频繁维修。
李昭德当了宰相后,和严善思等屡挫酷吏,保护朝臣。他反复向武则天面奏来俊臣等酷吏贪赃枉法、残害大臣的罪行,要求宽仁省刑,缓和政治气氛。酷吏侯思止奏请娶赵郡李自挹女为妻,武则天命政事堂商议。李昭德对诸宰相说:“往年俊臣贼劫王庆诜女,已大辱国。今日此奴又请索李自挹女,无乃复辱国耶!”【注:《旧唐书》卷87《李昭德传》】侯思止依靠告密上爬为侍御史,凶残之名昭著。当时被酷吏罗织陷害的囚犯中流传这样一句话:“遇来、侯必死,遇徐、杜必生。”【注:《新唐书》卷一一三《徐有功传》】李昭德了为了打击酷吏党羽,后藉机将侯思止捕杀,大挫了酷吏的气焰,“由是制狱稍息”。【注:《旧唐书》卷一八六《索元礼传》】但是,他被酷吏们视为眼中钉,纷纷攻击他。他行事比较专权,也引起部分朝臣不满。鲁王府功曹参军丘愔上疏武则天:“天下重任不可轻易委托于人(指李昭德),要防微杜渐。如果大权旁落,再收极难。”又有邓著上书指控李昭德专横。武承嗣一派也在不断对他进行攻击。在群起而攻之下,武则天也对他有嫌恶之心,便在延载元年(694)九月,将他罢官流配。
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万岁通天元年(696),政治形势有新的变化,契丹人李尽忠起兵入河北,声言“还我庐陵相王来。”【注:《朝野佥载》卷三】形势严重。武则天为了防止在太子问题上内部再起风波,就起用狄仁杰、姚崇等保皇嗣派的大臣为宰相,武承嗣一派失势。在这种气候下,李昭德又被召回京城,任监察御史。但这时来俊臣又因控告綦连耀谋反案,重新受到信用,升任洛阳令,使酷吏政治再度猖獗。来俊臣素恨李昭德,秋官侍郎皇甫文备也因受李昭德当众责斥怀恨在心,二人便共谋诬陷李昭德谋反,李昭德被下狱,判死刑。697年六月被处斩,市民为之哀痛。中宗李显复位后,神龙中追赠他为左御史大夫。唐德宗建中三年(782)加赠司空。